对奏章进行分门别类之后，接下来便是批阅奏章的流程。
依照朱棣批阅奏章的惯例，凡地方官员的奏章须先送通政使司点查验收，同时上奏者要备揭帖送往关联衙门，其中揭帖为奏章的抄件，内容与奏章基本相同。
通政司点验之后，会把奏章送去内阁，经内阁票拟后再呈给大明皇帝裁定。
所谓票拟，就是内阁顾问对奏章中所奏之事提出处理意见，写于小纸票上，夹在或粘在奏章之中上呈给朱棣御批。..
一般情况下，朱棣批示后的奏本，会由通政司送回给上奏者。
至于经过朱笔御批的题本，会被称为红本，之后会由通政司转送六科，由六科发抄关联衙门施行，并别录二份，分别成册。
一份送往内阁，供史官记注，称史书，另一份送储本科以备编纂，称录书。
六科会在年终，将红本的原本汇交内阁，存于红本库。
其中，凡是朱棣御批的题本、圣旨等谕令，内阁当值中书官皆要逐日逐件汇抄成册，名“丝纶簿”。
永乐年间，朱高煦多次监国，期间他批阅奏章的流程与朱棣一样，并没有做过多的改动。
这套批阅奏章的制度，目前来看并没有什么漏洞，反而利于大明皇帝腾出时间去主抓军国大事、要事。
票拟要比以往各朝辅佐君主处理政务的制度更加细致、周到，特别是过去，如唐宋草拟下行诏令和审核上行奏章的机构，就有中书、门下、翰林院，比较分散。
洪武年间，随着丞相制度的废除，皇帝直接指挥六部、百司政务，内阁众顾问成为了皇帝的私人秘书。
内阁有了票拟权，便相当于把唐宋时期分散的审核奏章之权归拢到了一处，这就极大的提高了皇帝处理政务的效率。
若是有皇帝惰政、懒政，直接对着内阁票拟批示即可。
毕竟，此举十分符合儒家“君逸臣劳”、“垂拱而治”的理想治国模式。
但若皇帝想要按照其个人意志行事，内阁众顾问也无力阻止，因为采不采纳票拟，皆由皇帝决定。
永乐年间，朱棣但凡有空的话，通常会亲自批阅奏章，并不需要内阁票拟，只有在拿不定主意的时候，才会询问内阁顾问。
朱高煦监国期间，与朱棣一样，大多数时间都是亲自批阅奏章。
除非奏章挤压太多，或者他要外出巡视，才会把奏章分给内阁顾问票拟处理。
再有就是建立一套题本副本的收存制度，以防止档案遗失或被人篡改。
永乐二十五年，九月吏部文选清吏司失火，所有档案被毁。
因此，朱高煦当时下令，凡内阁收存的题本和各衙门应存的档案，皆应于正本外另立一副本，分别收贮。
题本之副本应按正本的批红用墨笔抄录存案，其他档案之副本可另用钤记，以与正本区分。
在京各衙门卷牍收贮处所均派笔帖式轮班值宿巡查。
各省三司题奏之件，另有副本送通政使司，事后一并送往内阁，待朱批之后，内阁将副本遵照红本的批字用墨笔批录，另外存档。
在京各部院复奏本章，亦照此办理。
各部院一切档案，应另立一册，将全案备录，印信钤盖，挨次编号，其贮存之所，亦酌派笔帖式值宿巡查。
这项制度与寻常文书拟办过程中的副本制度不同，目的在于对档案的安全保管。最近弹窗厉害，可点击下载，避免弹窗